Nelly Flückiger est née en 1973 à Lausanne. Elle reçoit en 1994 un diplôme d’enseignement de la flûte à bec, entreprend ensuite des études de basson et obtient en 2003 un diplôme de concert chez Alberto Guerra au conservatoire de Lausanne.
Elle se perfectionne actuellement sur les instruments anciens avec Lorenzo Alpert à Genève. Elle partage ses activités entre l’enseignement, différents orchestres et groupes de musique de chambre.